El PAM cobreix aspectes com la gestió de les zones costaneres, la prevenció i el control de la contaminació, la protecció dels ecosistemes i la preservació de la biodiversitat.
L´any 1996 va ser creada la Comissió Mediterrània de Desenvolupament Sostenible (CMDS) com a organisme assessor i fòrum de diàleg, amb l´objectiu de presentar propostes a les Parts Contractants i al Secretariat del PAM per promoure el desenvolupament sostenible i per definir una estratègia d´acord amb els principis de l´Agenda 21.
La CMDS és un òrgan de reflexió sobre les polítiques destinades a promoure el desenvolupament sostenible a la Conca Mediterrània. La Comissió està formada per 36 membres: 21 representants de les Parts Contractants i 15 representants de la societat civil (xarxes d´autoritats locals, actors socio-econòmics i ONG´s).
Per ajudar al desenvolupament del programa d´activitats del PAM s´han creat, a banda del CAR/PN, diferents Centres d´Activitat Regional (CAR) cadascun d´ells dotat de funcions específiques: el Centre d'Activitat Regional del Programa d'Accions Prioritàrias (CAR/PAP) amb seu aSplit (Croàcia), el Centre d'Actividad Regional per a Àrees Especialment Protegides (RAC/SPA) amb seu aTunísia (Tunis), el Centre d'Activitat Regional del Plan Blau (CAR/PB) amb seu a Sophia Antipolis (França), el Centre d'Activitat Regional sobre situacions d'emergència de contaminació marina a la mar Mediterrània (CAR/SEC) ubicat a Malta, el Centre d’Informació i Comunicació del programa de Medi Ambient de les Nacions Unides (Info/RAC) ubicat a Roma (Itàlia), el Programa per a la Protecció de Zones Costaneres Històriques (100 ZH) amb seu a Marsella (França), i el Programa coordinat d'investigació i vigilància de la contaminació a la Mediterrània (MEDPOL) amb seu a Atenas (Grècia). La Unitat de Coordinació del PAM amb seu a Atenes exerceix les funcions de Secretaria.