El PAM cubre aspectos como la gestión de las zonas costeras, la prevención y el control de la contaminación la protección de los ecosistemas y la preservación de la biodiversidad.
En 1996 se creó la Comisión Mediterránea de Desarrollo Sostenible (CMDS) como organismo asesor y foro de dialogo, con el objetivo de presentar propuestas a las Partes Contratantes y al Secretariado del PAM para promover el desarrollo sostenible y definir una estrategia regional de desarrollo sostenible acorde con los principios de la Agenda 21.
La CMDS es un órgano de reflexión sobre las políticas destinadas a promover el desarrollo sostenible en la Cuenca Mediterránea. La Comisión está formada por 36 miembros: 21 representantes de las Partes Contratantes y 15 representantes de la sociedad civil (redes de autoridades locales, actores socio-económicos y ONGs).
Para ayudar a desarrollar el programa de actividades del PAM se han creado, aparte del CAR/PL, diferentes Centros de Actividad Regional (CAR) cada uno de ellos dotado de funciones específicas: el Centro de Actividad Regional del Programa de Acciones Prioritarias (CAR/PAP) con sede en Split (Croacia), el Centro de Actividad Regional para las Áreas Especialmente Protegidas (RAC/SPA) con sede en Túnez (Túnez), el Centro de Actividad Regional del Plan Azul (CAR/PA) con sede en Sophia Antipolis (Francia), el Centro de Actividad Regional sobre situaciones de emergencia de contaminación marina en el mar Mediterráneo (CAR/SEC) ubicado en Malta, el Centro de Información y Comunicación del programa de Medio Ambiente de las Naciones Unidas (Info/RAC) ubicado en Roma (Italia), Programa para la Protección de Zonas Costeras Históricas (100 ZH) con sede en Marsella (Francia), y el Programa coordinado de investigación y vigilancia de la contaminación en el Mediterráneo (MEDPOL) con sede en Atenas (Grecia). La Unidad de Coordinación del PAM con sede en Atenas ejerce las funciones de Secretaría.